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  cytoscape中文破解版是一款方便易用的信息数据分析编辑软件。该软件界面美观,可以让我们分析各种数据,通常被使用在生物信息分析等领域,通过多种形式的网络图形为用户显示分析结果,让我们可以更方便地了解数据之间的关联和变化趋势。

cytoscape中文破解版

【功能特点】

  以多种标准格式加载分子和遗传相互作用数据集

  项目和集成全局数据集和功能注释

  在这些数据之间建立强大的可视化映射

  使用细胞视图应用程序执行高级分析和建模

  可视化和分析人为策划的路径数据集,如维基路径、反应堆和KEGG。

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【使用说明】

  1. 安装并打开Cytoscape

  2. 导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络

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  网络文件格式包括:TXT、SIF、GML等,在Cytoscape安装目录下有Sample Data,是部分网络文件的示例。

  本地导入参考物种的蛋白互作网络

  Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因,在导入网络时要在Advanced Options中取消用第一行作为列名。

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  然后选择每一列数据的属性,包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等,同时对应不同颜色和图标标记。

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  导入后,右上部窗口内展示蛋白互作网络图,右下部为网络图的相关节点 (Node) 及边 (Edge) 的数据信息。左侧为导入的网络目录和网络属性 (Style) 设置菜单。

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  从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络

  例如要导入某个物种的蛋白质互作网络:选择物种和想要查看的数据库,搜索包含该物种蛋白互作网络的数据库,导入数据(时间稍长)。

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  3. 在Layout选项下可以选择方便观测的布局(默认导入的布局方式为Perfuse Force Directed Layout)。

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  4. 设置网络节点和边的风格 (Style)

  在Style选项卡下Node设置中对点的形状、颜色、大小等进行设置。例如:选择Shape为圆形、Fill Color为灰色、节点的高度 (Meight) 和宽度 (Width) 为50.0。

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  在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如,将连线的颜色设置为蓝色,同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。

  5. 导入差异表达基因及其属性列,映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。

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  选取目标网络、设置关键列 (Column1)、选择需要的节点属性列(可以选取多列,本例选取Column2,并重命名为Label,其中为up/down数据)。

  6. 根据上下调基因 (up/down) 标示网络,定义上调基因 (up) 为红色,下调基因 (down) 为蓝色。

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  7. 导出数据

  导出图像Export Network as Graphics。

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  导出数据 Export Table。

  可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。

  在弹出窗口编辑导出文件名。

软件特别说明

  1、当前电脑版软件/游戏必须下载安装最新版加速器才可运行(点击选择最新版下载:雷神网游加速器);
2、玩精品游戏,享专属福利: 360游戏大厅
  3、若软件无法下载请安装最新PC软件集合包: 360集合包,一键装机、快捷方便,请在电脑端下载

标签: Cytoscape生物信息

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